A Defesa Civil do Amazonas foi criada em 1971 para atender populações ribeirinhas afetadas por desastres. Inicialmente, suas ações eram coordenadas por comissões estaduais, com envolvimento da Polícia Militar. Em 1998, com a emancipação do Corpo de Bombeiros Militar do Amazonas, a responsabilidade pela Defesa Civil passou a essa corporação.

Em 2008, foi criado o Subcomando de Ações de Defesa Civil (SUBCOMADEC) e instituído o Sistema Estadual de Defesa Civil (SIEDC), para organizar e coordenar ações em situações de emergência. A missão da Defesa Civil é prevenir, preparar, responder e reconstruir áreas afetadas por desastres, além de promover a cultura de prevenção e a conscientização da população sobre riscos.

A partir de 2019, com o governo de Wilson Lima, houve aumento nos investimentos e fortalecimento do órgão. Em 2024, a Defesa Civil foi elevada à categoria de Secretaria de Estado, ganhando mais autonomia e capacidade de ação, especialmente frente aos desafios das mudanças climáticas.

Atualmente, é comandada pelo Cel QOBM Francisco Ferreira Máximo Filho, nomeado em janeiro de 2019.